伊賀・甲賀はもちろん、全国の忍者ゆかりの地には忍者屋敷がある。
忍者屋敷は外観は平屋造りで内部は三階建てになっていて、隠し部屋や抜け穴、落とし穴など、いろいろな工夫が凝らされている。
忍者はこの屋敷の隠し部屋で、火薬を調合した。忍者屋敷に仕掛けがしてあるのは、当時の最先端軍事機密であった火薬の調合法を盗もうとして侵入する敵を撃退するためである。忍者屋敷は、忍者の住まいであると同時に、機密の「火薬研究所」でもあった。